Управувањето со Скопски пазар АД Скопје е организирано според двостепениот систем, согласно со Законот за трговски друштва, односно со друштвото управуваат надзорен и управен одбор. Компанијата се состои од 6 сектори:
- сектор за заеднички услуги;
- сектор за финансии;
- сектор за информациска технологија;
- сектор за трговија и угостителство;
- сектор за маркетинг;
- сектор за пазари и недвижности
