Управувањето на Скопски Пазар А.Д. Скопје е организирано според двостепениот систем, согласно Законот за Трговски Друштва, односно со друштвото управуваат надзорен и управен одбор. Компанијата се состои од 5 сектори: 

СЕКТОР ЗА ЗАЕДНИЧКИ УСЛУГИ | СЕКТОР ЗА ФИНАНСИИ | СЕКТОР ЗА ИНФОРМАЦИСКА ТЕХНОЛОГИЈА | СЕКТОР ЗА МАРКЕТИНГ | СЕКТОР ЗА ПАЗАРИ И НЕДВИЖНОСТИ